氟甲喹是一类合成的抗菌剂，可抑制细菌DNA旋转酶和拓扑异构酶Ⅳ的活性。氟甲喹可以抑制肠杆菌科，葡萄球菌，绿脓杆菌，支原体，衣原体和一些链球菌引发的感染。它经常用于家畜，家禽和鱼类细菌性疾病的治疗，氟甲喹在大部分体液和组织中都存在，经肝代谢，通过尿排泄。进入食物链的氟甲喹残留可能具有致癌作用，还可导致细菌产生抗药性。
农业部235公告《动物性食品中兽药最高残留限量》中明确规定了牛奶中氟甲喹的最大残留限量为50ppb。
对于氟甲喹的检测，微生物抑制分析方法缺乏灵敏度和特异性，HPLC方法制备样品要耗费大量时间，并且需要昂贵的实验室设备，因此不适于做日常大量样品的筛选工作。