微囊藻毒素是蓝藻产生的一类天然毒素。人类受到微囊藻毒素毒害的途径主要是饮用水，另一部分人则是因为食用某些藻类制品而中毒的。微囊藻毒素是淡水环境中最常见的蓝藻毒素。当水体严重富营养化时，产毒蓝藻往往大量暴发，微囊藻毒素就会产生并释放到水体之中。
 

近年来，随着蓝藻水华的频频发生，中国有很多湖泊和水系都面临微囊藻毒素的泛滥。我国在新的生活饮用水标准中，已经将微囊藻毒素被列入水质检测指标。

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